D’abord affecté en Guadeloupe, il a ensuite occupé un poste de visiting scientist à l’International Rice Research Institute aux Philippines (1987-1990). Il y a noué des collaborations avec les généticiens moléculaires de l’Université de Cornell et de l’IRRI pour utiliser les populations haploïdes doublées comme ressource pour la cartographie de gènes d’intérêt (notamment le croisement IR64/Azucena). 

De retour sur Montpellier pour y développer un programme d’ingénierie génétique du riz pour la résistance aux insectes et la tolérance aux contraintes abiotiques, il y a installé  les méthodes de transformation directe (transfert dans des protoplastes, accélération de microprojectiles) et biologique à haute fréquence (Agrobacterium) (1991-1999). Il a notamment coordonné un projet Européen sur la résistance du riz à la pyrale entre la France, l’Italie et l’Espagne (ERRI), qui a montré que des stratégies de protection basées sur une expression inductible de protéines insecticides par la blessure du foreur des tiges assurait une protection au champ aussi bonne que l’expression constitutive. L’essor de la génomique dans le cadre du projet Génoplante lui a permis ensuite de coordonner la production et la caractérisation de lignées d’insertion de riz, faisant partie d’un effort international sur cette plante, et de participer à un projet Européen utilisant la mutagenèse par transposon entre 2000 et 2005. Les caractères ciblés par son équipe en utilisant ces ressources biologiques étaient le développement racinaire et la tolérance aux contraintes abiotiques. 

Par la suite, il a coordonné un projet Européen de 20 partenaires sur la captation des ressources par les céréales sous contraintes abiotiques (EURoot) (2012-2015). La disponibilité d’une méthode de transformation à haute fréquence chez le riz a permis d’aborder dès le début des années 2000, le ciblage génique chez cette plante qui s’est poursuivi dans le cadre de 2 projets collaboratifs entre organismes modèles (mousse, Arabidopsis et riz) visant à augmenter la fréquence de réparation par recombinaison homologue chez les plantes à fleur. Par la suite, l’avènement des nucléases pour cibler des cassures double brin (Méganucléases, Talens puis CRIPSR/Cas) a amené son équipe à participer au projet investissement d’avenir GENIUS (2012-2020) coordonné par Peter Rogowsky. Ce projet fondateur a permis a la communauté nationale de s’approprier les méthodes qui sont à présent utilisées dans le PEPR SVA. 

Emmanuel Guiderdoni a également occupé des fonctions de direction et de direction adjointe d’unité entre 2007 et 2020, tout en poursuivant des lignes de recherche sur la manipulation de la recombinaison méiotique et de la reproduction, en lien étroit avec les travaux de Raphael Mercier à l’IJPB. Libéré de ses fonctions de direction, il s’est pleinement investi sur ces sujets ces 5 dernières années, notamment par la coordination de deux projets (ANR et Programme D’excellence iSite) qui ont abouti à établir les paysages de la recombinaison à haute résolution chez le croisement IR64/Azucena et à mettre au point de l’apomixie synthétique chez le riz.  

En dehors de ses activités de recherche, il a représenté le Cirad dans de nombreuses instances, commissions et comités de pilotage (ANR, GisBV, EPSO, Genius et récemment PEPR SVA où il est à présent remplacé par David Pot) et a reçu le prix de biologie intégrative de l’Académie des sciences (2012), le mérite agricole (2021) et le prix Vinfuture pour l’innovation (2025). 

Pour en savoir plus sur le riz 

Cultivé les pieds dans l’eau, parfois récolté en barque, généralement blanc mais aussi noir, rouge ou doré, complet ou raffiné, collant ou bien détachable… Il évoque l’Asie, mais il peut être africain ou camarguais, biologique ou conventionnel. Vous l’aurez deviné : l’espèce à l’honneur dans ce numéro est le riz.

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Pour lire la suite : Le riz : une petite graine, une grande histoire de sélection