epiRIPEN

La tomate (Solanum lycopersicum) est à la fois une espèce modèle pour l’étude du développement des fruits charnus et une culture d’une importance économique majeure. Pour les sélectionneurs, prolonger la durée de conservation et accélérer la précocité de production constituent des objectifs essentiels, en particulier dans le contexte de la production sous serre et des défis croissants liés au changement climatique. La maturation est orchestrée par des régulateurs clés tels que RIN, NOR, FUL1 et FUL2, dont l’activité est profondément modulée par des mécanismes épigénétiques, notamment la méthylation de l’ADN et les modifications des histones. Exploiter ces modes de régulation représente une opportunité encore largement inexploitée pour l’amélioration des plantes.

Le projet epiRIPEN vise à décrypter et à manipuler la régulation épigénétique de la maturation de la tomate. Nous combinerons des approches épigénomiques à l’échelle unicellulaire avec des outils basés sur l’édition CRISPR–dCas9 afin de moduler précisément l’état de la chromatine au niveau des loci liés à la maturation du fruit. Notre stratégie repose sur quatre axes : 

1. identifier les éléments cis-régulateurs à résolution unicellulaire (single cell), 
2. déployer des éditeurs épigénétiques spécifiques pour la déméthylation de l’ADN et des histones,
3. évaluer les conséquences fonctionnelles et agronomiques des lignées éditées dans des conditions standard et de stress, 
4. analyser l’héritabilité, la stabilité et la biosécurité des modifications induites au fil des générations.

Ainsi, epiRIPEN apportera une preuve de concept que l’édition de l’épigénome peut constituer un outil exploitable pour la sélection végétale. En générant des lignées de tomate à durée de conservation prolongée et à résilience accrue, le projet répond directement aux objectifs du programme PEPR SVA et contribue à la stratégie SADEA pour une agriculture durable, autonome et résiliente face au climat.

Le projet epiRIPEN est en lien avec les axes 1 & 2 du PEPR Sélection Végétale Avancée : 

Axe 1 : Développement de l’édition des génomes pour l’application à un large panel d’espèces

Axe 2 : Edition des génomes pour accompagner la transition agroécologique